尽管在世界范围内基因导入的尝试相当多，但迄今尚无很成熟的导入方法， 更难以定点整合。目前，基因导入的方法主要有以下几种：
1．显微注射法
该方法是借助显微操作仪，将装有目的基因的毛细管针插入受精卵的原核中，注入基因。世界上第一只转基因小鼠就是用这种方法获得的。在小鼠，60～80％的早期胚胎经显微注射目的基因后仍能存活，10-30％的胚胎经移植后能正常发育至分娩。在家畜上使用该技术的难度较大，其原因一方面是由于家畜所能提供的受精卵数目较少，而且难以把握早期胚胎的发育时序，另一方面，家畜受精卵的细胞质中含有不少脂肪和色素等透光度低的颗粒，降低了原核的可见度，干扰了操作的精确性。显微注射导入基因是发展最早的转基因技术，目前仍然是使用最广、效率最高的方法。
2．逆转录病毒感染法
该方法是将目的基因整合到逆转录病毒的原病毒基因组中，然后将原病毒注入早期胚胎，或是给动物的培养细胞接毒后与胚胎一起培养，使病毒感染胚胎。Harvey(1990)用猫白血病毒作为载体，成功地将外源基因导入羊的基因组中并得到表达。该方法已被广泛地应用于基因表达机制、基因产物、细胞缺陷症和人类遗传病治疗等研究领域，具有整合的外源基因一般可自行复制，无须复杂的显微操作等优点，但整合成功率和基因表达率低，效果不稳定。
3．胚胎干细胞介导法
这一方法的理论依据在于囊胚期的内细胞团含有尚未分化的胚胎干细胞，将这些干细胞植入正常发育的囊胚腔之后，很快便与受体内细胞团聚集在一起，参与正常胚胎的发育。用电穿孔或磷酸钙沉淀法，将外源DNA转移到胚胎干细胞中，或用逆转录病毒做为载体感染胚胎干细胞，然后筛选整合阳性的部分并将之植入受体囊胚腔。由此发育成的个体其染色体中可能整合了外源基因。经胚胎干细胞介导法产生的转基因动物均属嵌合体。
4．精子载体法
将外源基因片段与获能精子一起孵育，然后，用携带有目的基因的精子进行人工授精。此方法最大的优点在于不需要昂贵复杂的设备，而且可以省略不少繁杂的操作。最近Rottman等将外源DNA用脂质包埋后，与兔精子共同孵育，然后进行人工授精，得到的49只仔兔，经Southern和PCR分析，其中31只为基因整合阳性，阳性率为63.3％。Squires和Drake应用同样的方法在鸡上获得成功，阳性率为15.25％。我国新疆在奶牛上也有成功报道。但不少研究人员，用精子作载体进行复转基因试验未获得阳性结果，而对这种方法持否定态度。